Die Heide ist wegen ihres Reichtums an selten gewordenen und schönen Pflanzen sowie wegen ihrer floren- und kulturgeschichtlichen Bedeutung weit über die Grenzen Bayerns hinaus bekannt. In seinem Arteninventar ist das Gebiet noch weitgehend intakt, obwohl sich Klagen über die Beeinträchtigung durch die Landwirtschaft - z.B. Pflügen über die Gebietsgrenzen herein - wie ein roter Faden durch die Protokolle der Mitgliederversammlungen zieht. Darüber hinaus lässt sich in jüngerer Zeit leider vor allem im Westen des Gebietes eine zunehmende Eutrophierung feststellen, die vor allem durch eingewehten Dünger verursacht sein dürfte. 

Die Heide war früher an die Landwirte der Umgebung verpachtet, die alle zwei Jahre im Herbst die Fläche zur Streugewinnung mähen durften. Seit geraumer Zeit wird diese Mahd alle zwei Jahre mit finanzieller Unterstützung durch die Naturschutzbehörden von beauftragten Firmen durchgeführt. Seit kurzem wird auf Anregung von zoologischer Seite hin jährlich die Hälfte der Fläche gemäht, um den Tier-Populationen ein besseres Überdauern zu ermöglichen. 

Heute wächst der Druck auf das Naturschutzgebiet - im Einzugsbereich der Großstadt München gelegen - ständig weiter an. Immer noch zunehmende Besucherscharen, das Spazierenführen von Hunden, Motocrossfahren und Reiten beeinträchtigen die Garchinger Heide mehr und mehr, so dass die Bayerische Botanische Gesellschaft mit ungeduldiger Hoffnung auf die Neufassung der Schutzgebietsverordnung wartet, die vielleicht Grundlage für weitere Maßnahmen zur Sicherung der einzigartigen Garchinger Heide sein kann. Seit 1989 läuft ein Projekt des Bayerischen Landesamtes für Umweltschutz „Sicherung und Verbesserung der Heideflächen im Norden von München“, das im Umkreis des Schutzgebietes schon erste Erfolge aufzuweisen hat. Es lässt hoffen, dass trotz zunehmenden Druckes auf die Fläche durch Freizeit- und Erholungsbetrieb die Garchinger Heide langfristig erhalten werden kann. Über die Garchinger Heide erschien 1989 ein von der Gemeinde Eching herausgegebenes Buch, das alle biologischen und kulturgeschichtlichen Kenntnisse anschaulich darstellt.